Здравствуйте.
Само по себе расхождение «е»/«ё» в свидетельстве о рождении и паспорте не делает Ваш нынешний паспорт недействительным автоматически - буквы официально признаются равнозначными, если не мешают идентификации личности. Но раз МВД выявило это несоответствие и требует замены, действовать надо - иначе документ рано или поздно "зависнет" при подтверждении учётной записи на Госуслугах, оформлении наследства или пенсионных вопросов.
Ключевой момент в Вашем случае: паспорта с 16 лет Вам выдавали с "е с точками" - то есть по факту это ошибка не Ваша, а ведомственная, техническая. Согласно ФЗ № 138-ФЗ, паспорт с недостоверными сведениями подлежит замене, но если ошибку допустило само ведомство при первичной выдаче документа, замена должна быть бесплатной и без лишней бюрократии с Вашей стороны. Проблема в том, что на практике МВД часто пытается переложить это на гражданина как "личную инициативу", а это уже госпошлина и другой порядок оформления.
Тут важно правильно квалифицировать саму ситуацию перед подачей заявления - иначе Вам придётся платить и доказывать очевидное задним числом.
Получите конкретный план действий по ситуации: что сделать дальше, какие документы подготовить и на какие сроки ориентироваться.