Сын оказался ответчиком потому, что иск об установлении отцовства в отношении умершего предъявляется не к самому покойному (он стороной быть не может), а к его наследникам, чьи права и доли в наследстве это решение затрагивает - то есть к вашему сыну как единственному на тот момент признанному наследнику. Это обычная процессуальная схема по таким делам, ничего незаконного тут нет.
По оплате ДНК ситуация иначе: расходы на экспертизу изначально несёт тот, кто заявил ходатайство о её назначении - ст. 96 ГПК РФ. В вашем случае это был сын, он и настоял. Но окончательно эти расходы распределяются судом по итогам дела, а не по тому, кто их заявлял - ст. 98 ГПК РФ прямо говорит: все судебные расходы взыскиваются со стороны, против которой принято решение. Раз родство подтвердилось и требования тех двоих детей об установлении отцовства удовлетворены - значит формально проиграла сторона вашего сына, он возражал против признания их детьми умершего, а экспертиза сработала против его позиции. Поэтому суд и повесил расходы на него.
Есть нюанс: то, что первично суд был готов обойтись свидетельскими показаниями, а именно ходатайство сына об экспертизе в итоге доказало правоту истцов - юридически это не освобождает его от расходов, наоборот, усиливает позицию "проигравшей стороны". Но здесь есть варианты, как можно частично скорректировать распределение расходов - зависит от того, как именно сформулировано решение суда и определение о взыскании издержек.