Добрый день!
Если в паспорте все записи, серия, номер, печати и подписи читаемы, страницы целы, ламинация не повреждена и нет «самодеятельных» исправлений, такой паспорт, как правило, считается пригодным к использованию и не подлежит обязательной замене.
Пункт 12 Положения о паспорте гражданина Российской Федерации, утверждённого постановлением Правительства РФ, говорит о замене паспорта, если он «не пригоден для дальнейшего использования вследствие износа, повреждения или других причин», а судебная практика уточняет, что к порче относится именно потеря информации или повреждение листов, а не просто пятна при сохранении читаемости данных (например, Решение Московского городского суда от 06.06.2013 по делу № 7‑1379/13).
Запрета на использование паспорта с «косметическими дефектами» (пятна, разводы от воды, отпечатки от бумаги и т.п.) действующее законодательство не содержит, и в подобных ситуациях юристы обычно исходят из того, что паспорт остаётся действительным, пока по нему можно однозначно установить личность владельца и проверяемые сведения.
Для поездок по территории Российской Федерации (без пересечения государственной границы) контроль документов осуществляют транспортная полиция, сотрудники авиакомпаний и служб досмотра, которые проверяют в первую очередь подлинность документа, совпадение фотографии, читаемость реквизитов и отсутствие явных признаков подделки, а не эстетическое состояние страниц.
Тем не менее окончательное решение всегда остаётся за конкретным сотрудником, в руки которого попадёт паспорт, поэтому если пятна выглядят необычно или вызывают у вас сомнения, формально у вас есть право обратиться в подразделение по вопросам миграции МВД России и заменить паспорт «по собственному желанию» до поездки, но исходя из описанной вами ситуации (все данные читаемы, печать не размыта, паспорт уже неоднократно принимали банки и транспортные компании) оснований ожидать серьёзных проблем при внутреннем перелёте по России немного.