Здравствуйте, Елена!
Попробуйте оспорить отказ, сообщив причину отсутствия регистрации. Конечно по Вашему вопросу нужна консультация на основании анализа документов. Если по факту Вашего вопроса, если указывать причину отсутствия регистрации, то нужно приложить документы когда подали документы на получения гражданства, когда получили ответ, любые документы, подтверждающие проживания с детьми в квартире (акт установления фактического проживания), скорее всего иных документов (акты осмотров для получения каких -либо социальных услуг, пособий — у Вас нет, поэтому указывать свидетелей, в том числе соседей по месту жительства, можно характеристику запросить по месту жительства у участкового и у соседей (заверить в ТСЖ/ЖК/УК по адресу Вашего МКД), может обращались за помощью в социальные службы в этот и период позже, у них можно запросить документ, подтверждающий факт обращения для нужд Вашей 1семьи, вообще по закону место жительства детей признается место жительства их родителей. Попробуйте отказ обжаловать в прокуратуру или в суд.
Буду благодарна Вашей ответной реакции! й