Теперь родитель требует об удалении персональных данных родителя из системы

Здравствуйте, Анна!
Можете обезличить данные родителя вместо удаления. 

Когда родитель отзывает согласие на обработку своих персональных данных, школа как оператор обязана прекратить такую обработку. При этом закон (ФЗ-152 «О персональных данных») предусматривает альтернативу полному удалению: обезличивание. Согласно п. 9 ст. 3 ФЗ-152, обезличивание — это действия, в результате которых становится невозможным без дополнительной информации определить принадлежность данных конкретному субъекту. То есть вы заменяете ФИО родителя на условный идентификатор (например, «Родитель №1») и оформляете это актом — так вы выполняете требование закона, сохраняя возможность вести учёт по ребёнку. Рекомендую также издать приказ директора, утверждающий порядок обезличивания в школе, и зафиксировать метод (например, хеширование или замена на код).

Записывать домашнее задание в бумажный дневник по закону учителя не обязаны. Иное может быть предусмотрено в локальных актах школы.