Добрый день.
Для ответа не хватает одного важного обстоятельства: использовался ли материнский капитал при покупке этой доли?
Если материнский капитал не использовался, то Росреестр не будет проверять, выделены ли детям доли. В этом случае оформление доли только на вас само по себе не является основанием для отказа в регистрации. Дети не обязаны автоматически становиться собственниками имущества, которое приобретают родители за собственные средства.
Если же при выкупе доли свекра используется материнский (семейный) капитал, ситуация другая.
Тогда действует обязанность оформить жилое помещение в общую собственность родителей и детей. Но закон не требует, чтобы дети обязательно были включены в число покупателей непосредственно в договоре купли-продажи. На практике довольно часто объект сначала регистрируется на одного из родителей, а затем в установленный срок выделяются доли супругу и детям.
Поэтому Росреестр обычно не отказывает в регистрации только потому, что дети не указаны в договоре как приобретатели. Основной риск возникает позже, если после использования материнского капитала доли детям так и не будут выделены. В этом случае вопросы могут возникнуть со стороны прокуратуры, органов опеки или Социального фонда России.
Есть еще один нюанс. Если вы выкупаете долю именно у близкого родственника и при этом используете материнский капитал, нужно смотреть структуру сделки. Не каждая внутрисемейная сделка соответствует требованиям закона и практики Социального фонда.
Поэтому сейчас я бы оценил ситуацию так:
маткапитал не используется — вероятность отказа по указанной вами причине практически отсутствует;
маткапитал используется — отсутствие детей в договоре само по себе обычно не влечет отказ Росреестра, но обязанность по выделению долей детям сохраняется;
если маткапитал использовался, нужно дополнительно проверить, кто является собственниками дома сейчас и какая именно доля выкупается у свекра.
Если необходима детальный разбор вашего вопроса, то напишите мне в личный чат использовали ли вы материнский капитал и кому сейчас принадлежат остальные доли в доме. Тогда можно будет оценить риск отказа Росреестра уже предметно.