Здравствуйте! В вашей ситуации важно прямо и однозначно зафиксировать два момента: основание увольнения и ваше право на жилищное обеспечение с сохранением статуса нуждающегося до фактического получения субсидии.
В рапорте обычно это формулируют примерно так в связном тексте: прошу уволить меня с военной службы по состоянию здоровья в связи с признанием негодным к военной службе (категория Д), с оставлением в списках личного состава воинской части до полного обеспечения жилищной субсидией как нуждающегося в жилом помещении, состоящего на учёте. Отдельно можно добавить, что вы просите направить представление на увольнение в установленном порядке для оформления внеочередного обеспечения жильём.
Ключевой смысл — не просто «не исключать из списков», а именно увязать это с неполученной субсидией и статусом нуждающегося. Это важно, потому что при категории Д и выслуге у вас сохраняется право на обеспечение жильём, и до его реализации вас не должны исключать без вашего согласия.
То, что РУЖО просит представление на увольнение — обычная практика для перевода во внеочередники, здесь противоречия нет. Главное, чтобы в рапорте и последующих документах не было формулировок, из которых следует согласие на исключение из списков без жилья.
С наилучшими пожеланиями, Юрий Михайлович!