Срок владения новой квартирой, полученной по договору мены в связи с признанием прежнего жилья аварийным, исчисляется с момента государственной регистрации права собственности на неё. При этом срок владения аварийным жильём не учитывается.
Это подтверждается следующими нормативными актами и разъяснениями:
Статья 32 Жилищного кодекса РФ.
Письма Минфина РФ от 28 марта 2018 года №03-04-05/19795 и от 25 августа 2017 года №03-04-05/54847.
Пункт 4 статьи 217.1 Налогового кодекса РФ, согласно которому минимальный предельный срок владения объектом недвижимого имущества исчисляется с даты государственной регистрации права собственности на него.
Минимальный срок владения, после которого при продаже квартиры не нужно платить НДФЛ, составляет:
5 лет — в общем случае.
3 года — если квартира является единственным жильём на момент продажи.
В вашем случае, если новая квартира была зарегистрирована в 2023 году, а продана в 2025 году, срок владения составил 2 года. Это меньше минимального предельного срока (как 3, так и 5 лет), поэтому при продаже квартиры в 2025 году доход будет облагаться НДФЛ.