Здравствуйте! В вашей ситуации позиция «просто продлевайте ВНЖ и ждите» выглядит слишком упрощённой и не учитывает, что у вас есть реальные основания двигаться к гражданству уже сейчас.
То, что вы проживаете в России фактически с детства, получили ВНЖ как лицо без гражданства и непрерывно живёте более 5 лет, — это ключевые моменты. Для лиц без гражданства действует упрощённый порядок: после проживания по ВНЖ не менее 5 лет вы вправе подать на приём в гражданство без требования подтвердить выход из иного гражданства. При этом наличие родственников в РФ не является обязательным условием.
Ссылка сотрудников на «821 указ» на практике часто означает внутренние ограничения или особенности рассмотрения отдельных категорий дел, но этот указ не отменяет саму возможность подачи, если вы подпадаете под нормы закона о гражданстве. Проще говоря, это не основание отказывать вам в приёме заявления.
Отдельно по военкомату: прохождение медицинской комиссии и признание негодным к военной службе не является самостоятельным основанием для получения гражданства. Это вообще другая сфера и к приобретению гражданства отношения не имеет.
Что вам реально делать. Вам стоит не ограничиваться устной консультацией, а подать официальное заявление о приёме в гражданство через подразделение МВД. Если его не принимают — требовать письменный отказ с указанием причин. С таким отказом уже можно обжаловать действия, потому что тогда позиция органа должна быть юридически обоснована, а не «со слов».
Также в вашей ситуации может иметь значение подтверждение факта постоянного проживания в России с раннего возраста. Иногда такие обстоятельства используют как дополнительный аргумент или даже через установление юридического факта в суде, если возникают сложности с документами.
С наилучшими пожеланиями, Юрий Михайлович!