Здравствуйте!
В Вашей ситуации необходимо разграничить два разных вопроса: налогообложение дохода от сдачи квартиры в аренду и получение имущественного налогового вычета при её приобретении.
Если Вы сдаёте квартиру, применяя режим налога на профессиональный доход, установленный Федеральный закон №422-ФЗ, то доход от аренды подлежит учёту по правилам данного режима. При этом Вы вправе отражать доход по факту его получения, в том числе единовременно, если арендная плата поступает одной суммой за длительный период.
Вместе с тем указанный порядок налогообложения не связан с правом на имущественный налоговый вычет. В соответствии с положениями Налогового кодекса РФ имущественный вычет предоставляется исключительно в отношении доходов, облагаемых налогом на доходы физических лиц (НДФЛ). Доходы, облагаемые в рамках режима НПД, не формируют налоговую базу по НДФЛ и, соответственно, не могут быть использованы для получения такого вычета.
Таким образом, Вы вправе учитывать доход от аренды в рамках НПД, однако проведение всей суммы через приложение «Мой налог» не создаёт права на имущественный налоговый вычет. Для его получения необходимы доходы, облагаемые именно НДФЛ.