Здравствуйте!
В вашей ситуации ключевое значение имеет то, что брак официально не расторгнут. Сам факт раздельного проживания с 2017 года юридически не прекращает статус супруги, поэтому на сегодняшний день ваша гражданская жена продолжает считаться законной супругой и входит в круг лиц, имеющих право на выплаты в связи с признанием военнослужащего без вести пропавшим или погибшим.
Иск со стороны сестры сам по себе не означает, что супругу автоматически лишат выплат. Суд может пойти на это только при наличии убедительных доказательств того, что супруга фактически утратила право, например, если будет установлено, что она уклонялась от семейных обязанностей, не поддерживала отношения, либо брак носил формальный характер. Но на практике такие требования удовлетворяются нечасто, потому что закон в первую очередь защищает именно официального супруга.
То есть в большинстве подобных случаев суд сохраняет право на выплаты за законной супругой, если нет исключительных обстоятельств, подтверждённых доказательствами. Сестра может претендовать на выплаты только при отсутствии супруга либо при признании его утратившим это право по решению суда.
Рекомендую вашей жене активно участвовать в процессе, представить доказательства того, что брак не фиктивный (даже при раздельном проживании), и при необходимости заявить возражения на иск.
С наилучшими пожеланиями, Юрий Михайлович!
