В ряде случаев (у меня 30 %), при детальном ознакомлении с личным делом, контракт, подписанный вами (но почерком не совсем похожим на ваш) таки там обнаруживается. В вашем случае наличие или отсутствие контракта (которое при острой судебной необходимости командир всегда сможет обосновать хоть «потерей» документа) не столь принципиально. Так как доказательством периода прохождения вами военной службы будут выписки из Послужного списка (приказы о назначении на в/ должность и исключении из списков л/ состава части).
А вот то обстоятельство, что командир игнорировал ваш рапорт об увольнении и не передал его на рассмотрение аттестационной комиссии части (как того требует алгоритм, установленный Указом ПРФ 580 дсп), является существенным нарушением закона, требующим признания действий (бездействия) командира не законным и восстановления нарушенного права военнослужащего. Неделю назад в Донецком гарнизонном военном суде я восстановил именно такое нарушенное право военнослужащего.