Затем у него заканчивался срок уведомления на Рвп, в ФМС отказали принимать документы, так как данные старого паспорта

Здравствуйте,

Так а сам он обратился в МВД, сообщил о новом паспорте, переставил штамп о РВП? 

Причем тут работодатель, если трудовой договор расторгнут. Хотя Вы должны были и работодателю об этом сообщить. Работодатель бы уведомление о расторжении трудового договора направил в МВД уже с другими реквизитами его паспорта. 

Когда он получал РВП? Какая дата? 

Ст 6 ФЗ «О правовом положении иностранных граждан в Российской Федерации» от 25.07.2002 N 115-ФЗ

9. Временно проживающий в Российской Федерации иностранный гражданин в течение двух месяцев со дня истечения очередного года со дня получения им разрешения на временное проживание обязан подать в территориальный орган федерального органа исполнительной власти в сфере внутренних дел..

При наличии уважительных причин указанное уведомление может быть подано иностранным гражданином в более поздний срок, но не позднее чем через шесть месяцев со дня истечения очередного года со дня получения разрешения на временное проживание с приложением документов, перечисленных в абзаце первом настоящего пункта, а также документов, подтверждающих невозможность подать указанное уведомление в установленный срок. Документы, подтверждающие невозможность подачи указанного уведомления в установленный срок, могут быть представлены в форме электронных документов.

Уважительности не подачи уведомления в срок у него, полагаю, нет. И подтвердить ее нечем. В любом случае, пусть уведомляет МВД о замене паспорта. Переставляет штамп. Подаёт уведомление с опозданием. Заплатит штраф по ст 18.8 КоАП.