А что делать дальше тогда, если строительство практически завершено?

Здравствуйте .из районного поселка. Разрешение на строительство не продлили ( честное говоря из- за операции просмотрели что срок разрешения на строительства заканчивается) и подали заявление позже . Администрация отказала в продлении разрешения на строительство. Здание построено но есть небольшие изменения , такие как усилили потолок дополнительной опорой , убрали одно окно которое выходит на хозяйственный двор соседнего участка. Хотели продлить разрешения на строительство и внести вот такие незначительные изменения в проект. Писали в администрацию на разрешение на строительство что срок упущен по уважительной причине по болезни и всё равно отказ .неужели нет выхода как только через арбитражный суд ? Говорят (уже пытались многие )это все долго и арбитраж отказывает. А что делать дальше тогда , если строительство практически завершено?