В Каких долях будет произведен раздел?

Все будет так разделено, как указано в боачном договоре. Вы не указали условия брачного договора. Возможно ли признать такой договор недействительным? — возможно, если сроки не истекли и есть законные основания. 

1. Шаг первый: Что говорит брачный договор?
Это самый важный пункт.

Если в договоре прописан режим собственности на квартиру: Нужно смотреть его условия. Например, если там написано, что квартира в случае развода делится поровну или, наоборот, полностью остается мужу/жене — суд в первую очередь будет опираться на это.
Если в договоре про квартиру ничего нет: Тогда действует закон (режим совместной собственности).
2. Шаг второй: Ипотека и маткпитал (Обязательства перед детьми)
Даже если брачный договор относит квартиру к личной собственности мужа, использование материнского капитала накладывает обязательные доли на детей.

Как считается:

Выделение детских долей: По закону (ФЗ № 256), при использовании маткапитала родители обязаны выделить доли всем членам семьи (обычно всем четверым: муж, жена, двое детей).

Доли детей в этом случае считаются личной собственностью детей. Они не делятся между родителями при разводе. Родители не могут претендовать на детские части.
Реальность: Часто пары оформляют обязательство о выделении долей у нотариуса, но само выделение откладывают до погашения ипотеки. Если доли детям еще не выделены, в суде вам придется это сделать одновременно с разделом.
Раздел остатка:

Из стоимости квартиры вычитается стоимость детских долей (пропорционально размеру маткапитала в стоимости квартиры на момент покупки).
Оставшаяся часть делится между супругами согласно брачному договору или пополам (если договором не предусмотрено иное).
3. Шаг третий: Остаток долга по ипотеке
Квартира в ипотеке — это не только актив (стены), но и долг (кредит).

Если суд признает квартиру общей, то и долг признается общим. Делиться будет не только квартира, но и обязанность платить кредит.
Суд может поступить так: разделить квартирные доли родителей (например, по 1/2 от остатка после вычета детских долей) и пропорционально этим долям разделить остаток ипотечного долга.
4. Фактор «Нет другого жилья у жены»
Для суда это обстоятельство (нуждаемость) важно, но оно не меняет автоматически размер долей. Однако это может повлиять на то, как именно суд произведет раздел, чтобы не нарушить права детей:

Суд может оставить квартиру в общей долевой собственности (чтобы у матери и детей было право пользования).
Или обязать мужа выплатить жене компенсацию ее доли, чтобы сохранить квартиру за ней (если она сможет одна тянуть ипотеку), но это редкий исход.
Возможные варианты расчета долей (пример)
Допустим, квартира стоит 5 млн руб. Первоначальный взнос был общий, но маткапитал (теперь ~775 тыс. руб.) был использован как часть оплаты.

Вариант А (если брачный договор = совместная собственность):

Детская часть: Обычно суды выделяют детям долю пропорционально маткапиталу. Примерно 775 000 / 5 000 000 = 15.5% от квартиры. Эту долю делят на двоих детей (по 7.75% на каждого ребенка). Это имущество детей, родители его не делят.
Родительская часть: Остается 84.5% квартиры. Они делятся между мужем и женой поровну (по 42.25%).
Ипотека: Остаток кредита, допустим, 2 млн. Этот долг делится пропорционально долям родителей (42.25% и 42.25%), то есть каждый отвечает за свою часть долга. За детские доли (15.5%) долг платят родители (обычно поровну, так как они законные представители детей, пока те несовершеннолетние).
Вариант Б (если брачный договор устанавливает, что квартира принадлежит мужу):

Детские доли: Выделяются принудительно, так как использован маткапитал. Муж обязан выделить жене и детям доли пропорционально маткапу. Жена получит долю как член семьи (в рамках исполнения обязательства по маткапиталу), а не как супруга.
Остаток: Оставшаяся часть квартиры (сверх детских долей) остается в собственности мужа.
Ипотека: Если квартира оформлена только на мужа, банк, скорее всего, не снимет с него обязательств. Но в рамках семейного права муж может требовать, чтобы жена компенсировала часть платежей, уплаченных после развода, пропорционально ее доле (той, что от маткапитала).
Резюме и совет
Вне зависимости от брачного договора:

Детские доли будут выделены обязательно (обычно поровну между четырьмя членами семьи или с увеличением доли матери, так как с ней остаются дети).
Доли родителей определяются либо брачным договором, либо пополам (от оставшейся части квартиры).
Что делать сейчас:

Посмотрите свой брачный договор — что в нем сказано про режим имущества и про ипотечную квартиру конкретно.
Вспомните, давали ли вы в Пенсионный фонд обязательство выделить доли детям. Если да — без выделения долей продать или окончательно разделить квартиру не получится.