Здравствуйте.
1. Каких-то универсальных советов, как не попасть в РНП, нет. Это применительно и к очным заседаниям комиссий, и в целом взаимодействия с ведомством (в том числе, как в Вашем случае, в виде направления объяснительной). Говорю по опыту, так как работал с ФАС и те же заседания её комиссий — мероприятие, где зачастую решающим может быть не сама правовая позиция как таковая, а умение ее донести.
Ключевое для Вас сейчас — попытаться донести свою позицию, показать, что причины нарушений состоят не в какой-то системной недобросовестности, нежелании работать по правилам и пр., а в стечении обстоятельств.
То, что не успели направить объяснительную — не очень хорошо, лучше постараться сейчас дополнительных нарушений не производить. И сейчас стоит постараться подойти к вопросу серьезно.
2. Само по себе формальное основание для включения в РНП здесь может быть, так как договор Вы не заключили из-за неоплаты.
Если при проведении конкурса или аукциона начальная (максимальная) цена контракта составляет более чем пятнадцать миллионов рублей и участником закупки, с которым заключается контракт, предложена цена контракта, которая на двадцать пять и более процентов ниже начальной (максимальной) цены контракта, либо предложена сумма цен единиц товара, работы, услуги, которая на двадцать пять и более процентов ниже начальной суммы цен указанных единиц, контракт заключается только после предоставления таким участником обеспечения исполнения контракта (если требование обеспечения исполнения контракта установлено в соответствии со статьей 96 настоящего Федерального закона) в размере, превышающем в полтора раза размер обеспечения исполнения контракта, указанный в извещении об осуществлении закупки, документации о закупке (в случае, если настоящим Федеральным законом предусмотрена документация о закупке), но не менее чем десять процентов от начальной (максимальной) цены контракта или от цены заключаемого контракта (если контракт заключается по результатам определения поставщика (подрядчика, исполнителя) в соответствии с пунктом 1 части 1 статьи 30 настоящего Федерального закона) и не менее размера аванса (если контрактом предусмотрена выплата аванса).
Статья 37 профильного ФЗ.
Теоретически возможна ситуация, что сами по себе антидемпинговые платежи были заявлены ошибочно или были какие-то другие особые обстоятельства, но тут уже нужно разбираться с Вашей ситуацией.
Пишите в любом случае объяснительную и отправляйте текущем временем.
Ссылайтесь на то, что включение в РНП является крайней мерой ответственности, которая должна быть соразмерна нарушению.
Если вы ранее успешно исполняли госконтракты, обязательно укажите это как доказательство вашей надежности.
Есть прецеденты, когда антимонопольный орган отказывал во включении в РНП, если участник представил документы, подтверждающие его реальное желание заключить и исполнить контракт.