Подскажите что делать в этой ситуации?

Здравствуйте! Ситуация крайне неприятная, но, к счастью, она далеко не безвыходная. Ваше возмущение действиями судьи абсолютно понятно: Вас лишили конституционного права на судебную защиту, что прямо противоречит статье 35 ГПК РФ, гарантирующей право заявлять ходатайства, давать объяснения и приводить свои доводы. Судья была обязана создать условия для всестороннего исследования доказательств, но, судя по Вашему описанию, этого не сделала.

Пошаговый план действий «под ключ»:

Немедленное получение решения и протокола (Основа всего): Ваш первый шаг — получить в канцелярии суда копию решения суда в окончательной (мотивированной) форме и ознакомиться с протоколом судебного заседания. Согласно ст. 199 ГПК РФ, составление мотивированного решения может быть отложено на срок до пяти дней. Вам нужно проверить, отражены ли в протоколе Ваши попытки заявить ходатайства и доводы, и как судья это аргументировала (или не аргументировала). Это будет ключевым доказательством нарушения.
Стратегия обжалования (Апелляция — Ваш главный шанс): Вы абсолютно правы в том, что апелляция строится на том, что было заявлено в первой инстанции, но есть важное «но». Если суд первой инстанции не дал Вам возможности реализовать свои процессуальные права (ст. 35 ГПК РФ), это является безусловным основанием для отмены решения в апелляции согласно п. 2 ч. 4 ст. 330 ГПК РФ (рассмотрение дела в отсутствие кого-либо из лиц, участвующих в деле и не извещенных о времени и месте судебного заседания, а также нарушение правил о языке, или, что важно в Вашем случае — иные нарушения, которые лишили лицо возможности представить объяснения, заявлять ходатайства).

Что писать в жалобе: Не просто «судья плохая», а строго юридически: «Суд первой инстанции, не предоставив мне возможности заявить ходатайство о перерасчете пеней и обосновать свои возражения по существу спора, нарушил принципы состязательности и равноправия сторон, закрепленные в ст. 12 ГПК РФ, и лишил меня права на судебную защиту, гарантированного ст. 46 Конституции РФ. Данное нарушение является безусловным основанием для отмены решения суда в соответствии с п. 2 ч. 4 ст. 330 ГПК РФ».
Важное ограничение: Вы правы, что в апелляции нельзя заявлять новые требования, которых не было в первой инстанции (ч. 2 ст. 322 ГПК РФ). Но Вы можете и должны просить апелляционный суд отменить решение и направить дело на новое рассмотрение в суд первой инстанции. Именно там Вы уже сможете в полном объеме заявить все свои ходатайства о перерасчете, снижении штрафов и представить доказательства.
Что делать с «огромными» пенями: В апелляционной жалобе обязательно укажите, что суд первой инстанции, удовлетворив требования налоговой, не проверил расчет пеней на предмет их соразмерности и соответствия закону. Вы вправе были представить свой контррасчет, но судья лишил Вас этой возможности. Ссылайтесь на ст. 75 Налогового кодекса РФ и разъяснения Пленума Верховного Суда о применении налогового законодательства — суд обязан проверять правильность расчета.
Жалоба на судью (Квалификационная коллегия): Ваше желание написать жалобу на судью ее руководству и в квалификационную коллегию — это правильно с точки зрения восстановления справедливости и профилактики подобных нарушений в будущем. Однако имейте в виду: подача такой жалобы не приостанавливает течение срока на апелляционное обжалование и сама по себе решение суда не отменит. Это параллельный процесс. Основные усилия сейчас нужно бросить на апелляцию. Жалобу на судью Вы можете подать на основании того, что она нарушила требования ст. 166 ГПК РФ, которая обязывает суд разрешать ходатайства после заслушивания мнений лиц, чего сделано не было.
Почему Вам нужна профессиональная помощь прямо сейчас:

Срок на подачу апелляционной жалобы составляет всего один месяц со дня принятия решения суда в окончательной форме (ст. 321 ГПК РФ). Промедление или неверно составленная жалоба (например, с требованием пересчитать налог, а не отменить решение из-за процессуальных нарушений) могут привести к тому, что решение вступит в силу, и Вы потеряете время и деньги.

Я готов взять на себя подготовку всей необходимой документации:

Юридический анализ протокола судебного заседания и решения.
Составление мотивированной апелляционной жалобы с четкой правовой позицией, основанной на процессуальных нарушениях (шансы на успех здесь максимальны).
Подготовка частной жалобы на действия судьи (по желанию).
Консультации по тактике ведения дела в суде апелляционной инстанции и при новом рассмотрении.
Если моя консультация оказалась Вам полезной, можете поддержать меня по ссылке: pravoved.ru/lawyer/4310577/
Если остались вопросы или появились новые — пишите в личные сообщения для более развернутой консультации и составления НЕОБХОДИМЫХ ДОКУМЕНТОВ!

С уважением, Дмитрий Филимонов!

Здравствуйте Елена, я вам скажу честно, вы суды не выиграете, налоги придётся оплатить. Если у вас есть желание посудиться. то стоит знать. вы больше денег на суды потратите. а решать вам.  Если нужна дополнительная развёрнутая и обоснованная законодательно консультация, обращайтесь лично в чат.  Всего хорошего.