Анна, добрый день.
Все зависит от того, как долго он после отпуска не пребывал в части. В худшем случае, в отношении него могут возбудить уголовное дело по ст. 337 УК РФ, в том случае, если он не прибыл в часть по истечении 2 и более суток после окончания отпуска.
Размер наказания по данной статье зависит от длительности его самовольного отсутствия в части.
Зачастую при непродолжительном периоде отсутствия в части, командование не обращается в следствие с материалами для возбуждения уголовного дела. В таких случаях, военнослужащего также могут перевести в так называемые подразделения В (в которых как правило проходят службу, ранее осужденные лица).