Здравствуйте!
Ситуация у вас действительно непростая, понимаю ваше волнение, тем более когда речь идёт о декрете и стабильных выплатах. По закону увольняться в вашем случае не нужно и, более того, делать этого сейчас невыгодно. Даже если организация фактически не работает, но юридически не ликвидирована и вы числитесь в штате, трудовые отношения сохраняются, а значит сохраняется и право на все декретные гарантии.
Вы не обязаны выходить на работу между декретами. Допускается оформление нового отпуска по беременности и родам сразу после окончания отпуска по уходу за ребёнком, достаточно подать соответствующее заявление и больничный лист. Работодатель обязан его принять, а выплаты будут осуществляться в установленном порядке, как правило через Социальный фонд России, даже если у организации нет фактической деятельности.
Увольнение имеет смысл только в случае официальной ликвидации работодателя, но это отдельная процедура с обязательными уведомлениями и выплатами. Пока этого нет, лучше оставаться в трудовых отношениях, так вы максимально защищены законом и не потеряете пособия. Вы всё делаете правильно, просто продолжайте оформлять декреты в установленном порядке, закон на вашей стороне.
С наилучшими пожеланиями, Хабас Феликсович.