Здравствуйте, буду ли я считаться матерью одиночкой, если у двоих детей в свидетельстве о рождении папа указан, а у третьего ребенка стоит прочерк?

Ваша ситуация у двух детей отец указан в свидетельстве, у третьего ребёнка — прочерк.
Юридический вывод:
вы не считаетесь матерью-одиночкой в целом (на всех детей);
вы являетесь одинокой матерью ТОЛЬКО в отношении третьего ребёнка.

Все льготы, связанные со статусом одинокой матери, применяются только в отношении третьего ребёнка, например:

повышенные пособия;
льготы по детскому саду;
дополнительные трудовые гарантии;
налоговый вычет как одинокому родителю;
региональные меры поддержки.
На первых двух детей льготы «как матери-одиночке» не распространяются.