Здравствуйте, Екатерина.
Ситуация с налоговой решаема: работник на 0,5 ставки должен получать не менее половины МРОТ, т.е. его зарплата должна быть не ниже 11220 руб. (если МРОТ 22440 руб. на 2025 г.), а не полный МРОТ. Вы правы, что для неполного рабочего дня оплата производится пропорционально отработанному времени. ФНС, вероятно, требует полной оплаты, так как сотрудник отработал свои часы по договору, но это противоречит ТК РФ (ст. 93), которая позволяет платить меньше МРОТ при неполной занятости, но пропорционально ей. Вам нужно написать пояснения в ФНС, сославшись на ТК РФ и подтвердив, что зарплата 12500 руб. для 0,5 ставки — это больше половины МРОТ и, соответственно, соответствует закону.
Если вам была полезна моя консультация — можете меня отблагодарить символичной суммой в профиле (ссылка на профиль pravoved.ru/lawyer/4299018/). Это мотивирует юристов отвечать на бесплатные вопросы.
Кроме того, если вам нужно составление правового документа или дополнительная подробная консультация по вопросам — напишите мне лично в чат. С уважением, юрист Абдулкадиров Расул Русланович!