Если внучка несовершеннолетняя, выписать её может только законный представитель (её мать или отец, с кем она фактически живёт). Вам нужно:
-Получить согласие отца (опекуна по новому месту жительства).
-Матери (вашей дочери) как законному представителю подать заявление в МФЦ или паспортный стол о снятии с регистрации по месту жительства ребёнка.
Приложить документы: паспорт заявителя, свидетельство о рождении внучки, документ, подтверждающий право вселения отца по новому адресу.
Если отец отказывается, то придётся обращаться в суд с иском о признании ребёнка утратившим право пользования вашим жильём, так как он фактически проживает в другом месте. Потребуются доказательства его проживания с отцом.