Владимир, здравствуйте!
Согласно ч. 4.1 ст. 32.6 КоАП, по истечении срока лишения специального права (права управления транспортным средством) водительское удостоверение возвращается лицу, подвергнутому данному наказанию, после проверки знания им Правил дорожного движения и уплаты в установленном порядке наложенных на него административных штрафов за административные правонарушения в области дорожного движения.
Несмотря на то, что ваше лишение было назначено в рамках уголовного дела (ст. 264 ч. 3 УК РФ), процедура возврата удостоверения регулируется нормами, аналогичными тем, что применяются при административном лишении прав. Для возврата удостоверения всегда требуется пересдача теоретического экзамена.
Срок лишения водительского удостоверения (3 года) начал исчисляться с момента вступления приговора в законную силу (или с момента изъятия прав, если они были изъяты ранее). Амнистия 2015 года прекратила отбывание основного наказания (лишение свободы), но не обязательно отменила дополнительное наказание (лишение прав), если иное не было указано в акте об амнистии или решении суда.
Если 3-летний срок лишения прав истек (а он должен был истечь еще несколько лет назад), вы уже можете обращаться в ГИБДД для возврата удостоверения.
Ситуация, когда суд вынес приговор без проведения автотехнической экспертизы, которую вы просили провести, является серьезным процедурным элементом и могла бы быть основанием для обжалования приговора в порядке надзора (если сроки еще не пропущены) или в связи с вновь открывшимися обстоятельствами.
Отсутствие ключевой экспертизы может свидетельствовать о нарушении вашего права на защиту и объективное рассмотрение дела.
ст. 389.27 УПК регулирует основания для отмены или изменения судебного решения при рассмотрении уголовного дела в кассационном порядке (например, существенные нарушения уголовно-процессуального закона).
ст. 412.1 УПК регулирует порядок пересмотра судебных решений в порядке надзора.
Если вы считаете, что приговор был несправедлив из-за процессуальных нарушений, вы можете проконсультироваться с адвокатом по уголовным делам о возможности пересмотра дела, но это не повлияет на текущую процедуру получения водительского удостоверения.
Да, Ваш случай подпадает под эту ситуацию, под это Примечание.
Кроме того, отдельных правил для возвращения водительских прав, лишенных по уголовному делу — нет, следовательно, пересдавать экзамен ПДД после лишения прав по 264УК РФ не требуется в принципе, тем более, при амнистии и совершении преступления до 01 сентября 2013 года.