Как уволиться правильно, если компания маленькая, только ген директор выше

Здравствуйте.

Не смотря на размер компании уволенение происходит по общим правилам ТК РФ.

Основная статья, регулирующая увольнение по собственному желанию, — это статья 80 ТК РФ.
 
Вы обязаны письменно уведомить работодателя о своем желании расторгнуть трудовой договор не позднее чем за две недели (14 календарных дней), если иные сроки не установлены законом (например, при увольнении в период испытательного срока — 3 дня, увольнении руководителя — 1 месяц).