Тогда сказали роялти будут начисляться и будет копиться долг, как поступить?

Полина, здравствуйте!
По общему правилу роялти по договору коммерческой концессии (франчайзинга) уплачиваются, пока договор считается действующим: он не истёк по сроку, не расторгнут, не прекращён вашим односторонним отказом и не признан недействительным судом (гл. 54 ГК РФ, в том числе ст. 1027 и след.).
Сам по себе факт подачи иска в суд договор не прекращает и автоматически не освобождает вас от обязанности по оплате роялти, это лишь форма защиты права (ст. 11, 12 ГК РФ).
Если договор заключён без указания срока, вы вправе отказаться от него в любое время, письменно уведомив правообладателя не менее чем за 6 месяцев, если договором не предусмотрен больший срок, либо заплатив отступное, если это прямо предусмотрено договором (ст. 1037 ГК РФ).
Если договор срочный, досрочное прекращение возможно по соглашению сторон, по предусмотренному договором праву одностороннего отказа либо по решению суда при существенном нарушении договора другой стороной (ст. 450 ГК РФ).
Если вы заявляете требование о признании договора недействительным и суд его удовлетворит, применяются последствия, предусмотренные ст. 167 ГК РФ: договор считается недействительным с момента заключения, а стороны обязаны возвратить друг другу всё полученное.
В этом случае уплаченные роялти могут быть взысканы как неосновательное обогащение (ст. 1102 ГК РФ), а правообладатель не вправе требовать роялти за период действия недействительной сделки.
До решения суда вы можете обосновывать приостановление уплаты роялти тем, что франчайзер существенно нарушает свои обязанности, и ссылаться на право приостановить встречное исполнение по ст. 328 ГК РФ, но суд впоследствии будет оценивать, были ли эти нарушения реальными и существенными.
Подписывать соглашение о расторжении с формулировкой «стороны претензий не имеют» крайне рискованно, поскольку это может быть расценено как отказ от принадлежащих вам прав и требований (ст. 9 ГК РФ) и как фактическое окончательное урегулирование спора.
При прекращении договора важно реально прекратить использование бренда, товарного знака и иных объектов франчайзера, иначе возможны отдельные требования, в том числе о нарушении исключительных прав (ст. 1484, 1515 ГК РФ), при этом сам договор коммерческой концессии подлежит регистрации (ст. 1028 ГК РФ).
Практически безопасная тактика обычно состоит в том, чтобы письменно зафиксировать нарушения франчайзера, уведомить его о приостановлении платежей и/или отказе от договора со ссылками на ст. 328 и 1037 ГК РФ, скорректировать иск с включением требований о расторжении или недействительности договора и признании отсутствия задолженности, а также не подписывать документов с формулой «претензий не имею» без продуманного мирового соглашения.