Здравствуйте, Юрий!
В рамках базовой консультации исходя из представленных вами сведений и без изучения документов могу пояснить следующее:
Со своей стороны вы исполнили обязанность по уведомлению командования воинской части о продлении отпуска по болезни. Подать в СОЧ вас могут, но дело до следствия не дойдет, так как командир знает о продлении отпуска. В случае если будет возбуждено дело, в связи с отсутствием состава преступления оно будет прекращено, вам лишь потребуется предоставить следователю документы о направлении рапорта в воинскую часть.
Со своей стороны вам также необходимо направить рапорт через военкомат, приложив копию заключения ввк, которую вы можете заверить там же.
Также вы можете обратиться в военную прокуратуру по факту бездействия по оформлению продления вашего отпуска по болезни, более того, таким образом вы дополнительно сможете в случае возбуждения дела о СОЧ доказать отсутствие в ваших действиях состава преступления.
Для оказания вам помощи в составлении юридических документов вы можете обратиться к юристам сайта.
Если у вас есть иные вопросы или дополнительная информация по настоящему вопросу, можете обратиться ко мне за личной консультацией в чате, кнопка «Общаться в чате».