Если внести плату, не получится что они заново подадут в суд, будут требовать начальную сумму, а те выплаты куда уйдут?

Если коротко: банк не может потребовать начальную сумму заново, а внесенные вами платежи не пропадут. Они будут зачтены в счет уменьшения вашего долга.

А теперь подробнее.

Что произошло: расшифровка
«Банк подал в суд» — это означает, что банк обратился в суд с иском о взыскании с вас задолженности по кредиту.
«Отменили решение» — скорее всего, речь идет о том, что суд первой инстанции вынес решение в пользу банка, но вы его обжаловали, и апелляционная инстанция это решение отменила. Либо банк отозвал иск до вынесения решения. В любом случае, на данный момент судебного решения, обязывающего вас платить, не существует.
«Банк требует внести плату» — банк требует от вас погасить задолженность в добровольном порядке, чтобы снова не обращаться в суд.
Ответы на ваши вопросы
1. Не получится ли, что после оплаты банк снова подаст в суд и потребует начальную сумму?
Нет, не получится. Здесь работает ключевой принцип: Внесенные вами платежи являются исполнением ваших обязательств по кредитному договору.

Что это значит на практике:

Ваш долг не «обнуляется» и не «забывается» после того, как вы платите.
Каждый ваш платеж уменьшает общую сумму вашей задолженности.
Если банк подаст в суд повторно, он будет требовать взыскания той суммы долга, которая останется на момент подачи иска за вычетом всех ранее внесенных вами платежей.
Пример:

Первоначальный долг: 100 000 рублей.
Вы по требованию банка выплатили 20 000 рублей.
Оставшаяся задолженность: 80 000 рублей.
Если банк подаст в суд, он будет требовать взыскания 80 000 рублей, а не 100 000. Суд удовлетворит иск только на 80 000 рублей.
Банк не имеет права проигнорировать факт внесенных платежей и требовать начальную сумму. Это было бы прямым нарушением закона.

2. Куда уйдут те выплаты?
Ваши выплаты уйдут на погашение вашего долга по кредитному договору. Они будут распределены в установленном законом и договором порядке:

Проценты за пользование кредитом.
Основной долг (тело кредита).
Неустойка (штрафы, пени), если они были начислены.
Даже если банк в суде требовал взыскания не только долга, но и судебных расходов, ваши добровольные платежи после отмены решения суда идут именно на погашение обязательств по самому кредитному договору.

Что важно сделать ДО того, как вносить деньги?
Чтобы обезопасить себя и иметь четкое понимание, на что именно идут ваши деньги, настоятельно рекомендую:

Запросите актуальный расчет задолженности. Попросите банк предоставить вам подробную выписку, где будет расписано: сумма основного долга, начисленные проценты, пени, комиссии на текущую дату. Это ваш главный документ.
Уточните реквизиты для оплаты. Убедитесь, что вы перечисляете деньги именно на счет погашения кредитной задолженности, а не на какой-то другой счет.
Сохраняйте все документы, подтверждающие оплату!

Квитанции об оплате (если платите через банк).
Чеки и платежные поручения (если через онлайн-банк).
Расписки (если платите наличными в кассе банка — обязательно берите документ).
Эти документы — ваше доказательство того, что вы добросовестно погашали долг. Они не дадут банку возможности утверждать, что вы ничего не платили.

Краткий итог и ваши действия:
Банк не имеет права требовать начальную сумму, если вы частично погасили долг.
Ваши платежи не пропадают, а уменьшают общую сумму вашей задолженности.
Действуйте грамотно: запросите расчет, уточните реквизиты, сохраняйте все квитанции.
Если сумма долга значительная или у вас остались сомнения, вы можете обратиться за бесплатной консультацией к юристам в вашем городе (например, через общественные приемные) чтобы они помогли вам проверить расчеты банка и правильность его требований.