Если да, то необходимо ли писать рапорт на командира?

Здравствуйте!

Короткий ответ: нет, ст. 259 ТК РФ прямо не применяется к военнослужащим (в т.ч. беременным), потому что трудовое законодательство не распространяется на военнослужащих при исполнении ими обязанностей военной службы. Вместо этого действуют спецнормы воинского законодательства + «социальные гарантии и компенсации» для военнослужащих-женщин. Чтобы эти гарантии реально заработали, подаётся рапорт с медзаключением/справкой о беременности и ссылками на нормы. Подробно — по чек-листу с нормами ниже.

Нормы права (с реквизитами)

ТК РФ не применяется к военнослужащим: ч. 8 ст. 11 ТК РФ — трудовое законодательство не распространяется на военнослужащих при исполнении ими обязанностей военной службы.  
Спецправила для военных по времени службы/отдыху: ст. 11 ФЗ от 27.05.1998 № 76-ФЗ «О статусе военнослужащих»: дни отдыха — выходные/праздничные; при привлечении в эти дни — отдых предоставляется в другие дни. Для военнослужащих-женщин — отпуск по беременности и родам и по уходу за ребёнком в порядке, установленном законами и НПА.  
Социальные гарантии беременным военнослужащим: п. 9 ст. 10 ФЗ № 76-ФЗ — военнослужащие женского пола пользуются социальными гарантиями и компенсациями по законам об охране семьи, материнства и детства (это и есть «мостик» к содержанию защитных норм типа «не привлекать к ночным, сверхурочным, выходным», но реализуется через воинские процедуры, а не через ТК).  
Отпуска по БИР и порядок: п. 3, 5 ст. 32 «Положения о порядке прохождения военной службы» (Указ Президента РФ от 16.09.1999 № 1237) — конкретные сроки отпуска по беременности и родам.  
Запреты по видам службы для женщин: женщины не привлекаются к караульной/комендантской службе (Устав гарнизонной и караульной служб ВС РФ; ред. с прямой нормой «женщины не привлекаются»).  
Ст. 259 ТК РФ (для ориентира содержания гарантий): запрещает для беременных ночные/сверхурочные, выходные/праздничные и командировки — но как норма ТК к военнослужащим не применяется напрямую, см. выше про ч. 8 ст. 11 ТК.  

Практический вывод из норм

Прямого «запрета» по аналогии со ст. 259 ТК для беременных военнослужащих в воинских уставах/законах нет. Регулирование идёт через 76-ФЗ (служебное время/отдых, отпуска) и через п. 9 ст. 10 76-ФЗ (социальные гарантии), а также через медицинские заключения о допустимых нагрузках/условиях. Командование обязано учитывать беременность, предоставлять БИР и не назначать запрещённые для женщин виды службы (караул).  
Если привлекают в выходной/праздник до начала отпуска по БИР — это допускается режимом службы, но должно компенсироваться отдыхом в другой день; беременная вправе просить освобождение/перевод на щадящие условия по медзаключению.  

 Что делать (пошагово)

Получить медзаключение (женская консультация/ВВК при необходимости), где зафиксировать ограничения (ночные/тяжёлые/суточные/переработки).
Подать рапорт командиру (в 2 экз.) со ссылками:
– ч. 8 ст. 11 ТК РФ (ТК не применяется; значит, действуем по 76-ФЗ),
– п. 9 ст. 10 и ст. 11, п. 13 ФЗ № 76-ФЗ (социальные гарантии; БИР/уход; компенсация выходных/праздников),
– п. 3, 5 ст. 32 Положения (сроки БИР),
– Устав гарнизонной и караульной служб (женщин не ставить в караул).
Просите: не привлекать к ночным/суточным/выходным и праздничным, к караульной/комендантской службе; перевести на щадящий режим; определить дату отпуска по БИР по медсправке; при уже назначенных привлечениях — замену/компенсацию днями отдыха.  
Приложить: копию меддокумента о беременности; приказы/графики, где вас поставили в выходные/ночные; ранее выданные ограничения.
При отказе/игнорировании — жалоба в военную прокуратуру гарнизона и (параллельно) командиру вышестоящему с теми же ссылками; при необходимости — в суд в порядке КАС РФ.

 Ответы на ваши вопросы

«Подчиняются ли беременные военнослужащие ст. 259 ТК РФ?»
Нет — не подчиняются напрямую (ч. 8 ст. 11 ТК РФ). Но содержание гарантий (запрет ночных/выходных и т.п.) учитывается через п. 9 ст. 10 76-ФЗ как социальные гарантии, реализуемые воинским порядком (медзаключение, рапорт, приказы).  
«Нужно ли писать рапорт?»
Да. Обязательно. Это ваш процессуальный способ уведомить командира о беременности, сослаться на 76-ФЗ/Положение/Устав и попросить щадящий режим/непривлечение к запрещённым видам службы и к выходным/праздникам, а также оформить отпуск по БИР.  

Буду рада Вашей положительной оценке ответа (плюсику).

Если мои материалы вам полезны, Вы можете отблагодарить меня по ссылке m.pravoved.ru/pay/lawyer-reward/id/4241969/

даже 100-200-300 ₽ очень помогают продолжать писать и отвечать на вопросы. Спасибо за любую поддержку!

С уважением,

Набатова Екатерина