Добрый день! ну порядок обычно не такой. Сначала акт о выявлении нарушения, потом его рассмотрение, потом решение о привлечении к ответственности. Выставить штраф до вынесения решения налоговая не может.
Что касается вашей ситуации.
Если решение все-таки еще не вынесено, то можно попробовать всех сотрудников быстро оформить задним числом, сдать все отчеты и оплатить налоги, тогда на рассмотрении материалов при вынесении решения можно ходатайствовать о снижении штрафа. Вам в любом случае устранять нарушение.
ГПХ я бы не рекомендовал оформлять, поскольку раз у ж у вас уже внимание со стороны налоговой, то будет спор еще и по этому поводу.
По налогам и по отчетам, разницы между трудовым договором и ГПХ никакой нет. Вы ничего не сэкономите.
точнее на ваш вопрос можно будет ответить если увидеть, то что вам выставила налоговая.