Добрый вечер, Надежда.
Если речь идет об этапе поиска покупателя, то агентство обычно забирает документы для того, чтобы гарантированно получить свое вознаграждение и исключить реализацию квартиры другими лицами. Никаких правовых оснований для этого, разумеется, нет. В таком случае, я бы рекомендовал вам воздержаться от передачи документов, так как вы потеряете свободу выбора предполагаемого покупателя, вполне достаточно будет копий.
Для более полного ответа желательно ознакомиться с текстом договора.
Если же речь идет уже об оформлении сделки купли-продажи (т.е. том случае, когда покупатель найден), то у вас есть выбор, либо ходить по всем учреждениям вместе с агентом и не передавать документы, либо передать под расписку.
Второе возможно, только если агентство крупное, заслуживает доверия, и желательно, чтобы у вас уже был заключен с покупателем договор (предварительный договор) и внесен задаток.