Денежные средства покупатель готов перечислить сразу в банк в счет погашения кредита, возможно ли составить

Здравствуйте, Юлия Лазарева!

Договор купли-продажи недвижимости с обременением + Дополнительное соглашение

Можно заключить основной договор купли-продажи помещения, отдельно предусмотрев обязательства в дополнительном соглашении. Основной договор может содержать обязательство продажи недвижимости покупателю и одновременно предусматривающее снятие залога путем выплаты оставшейся части долга банку.

Дополнительно можно заключить дополнительное соглашение, где будут указаны условия передачи денежных средств сверх стоимости основного договора.

Такое решение сопряжено с определенными рисками для покупателя, поскольку регистрация перехода права собственности возможна лишь после снятия обременения. Банк заинтересован в получении полной оплаты долга перед снятием обременения, иначе сделка становится менее привлекательной для него.

Четырёхстороннее соглашение (физическое лицо-продавец, ООО «2»-покупатель, банк-залогодержатель, ООО «1»)

Наиболее оптимальным решением является заключение четырёхстороннего соглашения, где подробно расписаны обязанности каждого участника сделки:

-Физическое лицо обязуется продать недвижимость ООО «2»;
ООО «2» обязано выплатить деньги непосредственно банку в счёт погашения кредитной задолженности (обеспечивающую продажу);
-Банк обязан снять обременение с недвижимости после поступления полного платежа;
-После снятия обременения продавец вправе распоряжаться остаточной суммой самостоятельно.

Такой договор позволит обезопасить каждую сторону и чётко зафиксировать последовательность действий. Если остаток средств не будет указан в основном договоре, то этот факт должен быть зафиксирован в отдельном документе (например, дополнительном соглашении).

Передача заложенного имущества возможна только с согласия кредитора. Без предварительного согласования сделки с банком такая продажа невозможна. (Федеральный закон «Об ипотеке (залоге недвижимости)» от 16.07.1998 N 102-ФЗ ).

Как избежать рисков?

Чтобы минимизировать риски для обеих сторон, рекомендую дополнительно привлечь нотариуса для удостоверения сделки и контроля над её исполнением. Нотариус обеспечит соблюдение прав и законных интересов всех участников сделки и снизит вероятность возникновения споров впоследствии.

Юлия, здравствуйте
Как вы указываете, вам, по сути, вы рассматриваете вариант заключить сделку на продажу нежилого помещения по заниженной стоимости. Остается риск доначисления налогов физическому лицу.
При продаже помещения, используемого в предпринимательской деятельности, невозможно будет применить освобождение от налогообложения, предусмотренное п. 17.1 ст. 217 НК РФ — объект недвижимости непосредственно использовался в предпринимательской деятельности. 
Обложение НДФЛ доходов от продажи помещения будет осуществляться на основании ст. 214.10 НК РФ, а именно учитываться кадастровая стоимость помещения (величина в 70% кадастровой стоимости).
При этом отмечу ситуацию с неотделимыми улучшениями. 
Под неотделимыми улучшениями можно было бы понимать — перепланировку, замену электропроводки или канализации, техническое переоснащение, монтаж водопровода и т.д. Предлагаю обратить внимание, что стоимость неотделимых улучшений – почти в половину стоимости самого объекта. Это не кажется разумным, хотя в теории не исключено. Кроме того – не прописано ни слова о какого-рода неотделимых улучшений на такую значительную сумму идет речь. Скорее всего написать будет нечего, а подтвердить тем более (фотоотчетами, документацией и т.д.). 
Одновременно следует еще учитывать следующее.
Неотделимые улучшения по своей природе не являются самостоятельным объектом гражданских прав, соответственно, их нельзя отнести ни к одному из критериев, содержащих понятие имущества в соответствии с гражданским законодательством РФ. Неотделимые улучшения помещения нельзя рассматривать как вещь, которая может являться самостоятельным предметом договора купли-продажи в отрыве от самого объекта недвижимого имущества.
Вы всегда оцениваете свои риски сами, но на мой взгляд предложенная вам конструкция рискованная (даже если вы ее проведете в регистрационном органе, налоговые риски остаются). Равно как и вариант с предварительным договором купли-продажи – он, по сути, не на что не влияет. Если нежилое помещение находится в залоге у банка – наверняка имеются документы по оценке стоимости помещения, что также может повлиять на ситуацию. 
Рада ответить на Ваш вопрос!
С уважением, Екатерина