Здравствуйте.
Жалобу на постановление по делу об административном правонарушении Вы можете подать десятидневный срок со дня получения копии постановления вышестоящему должностному лицу или в суд.
Если учесть что пропуска у вас были, думаю Вашу жалобу удовлетворят без особых проблем.
Дальше сложнее. Процедура возврата уплаченного административного штрафа непосредственно в КоАП РФ не описана.
Но если коротко — необходимо обратиться к администратору доходов бюджета с заявлением о возврате излишне уплаченных средств. Ну и приложением документов (решения суда о прекращении дела об административном правонарушении, возбуждённом в отношении Вас). А вот кто является в данном случае администратором доходов однозначно не скажу. Насколько я помню, доходы от штрафов идут в местный бюджет, а администратором является орган, вынесший постановление. Т.е. могу предположить, что в данном случае это ГИБДД Москвы. Но вот так сходу утверждать однозначно это не стану.
Это общая информация.
Более подробно всё это описано в разделе VI Приказа Минфина от 09.09.2013 № 391. Цитировать не буду, аккуратно не вставить. Так что даю ссылку - http://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_164051/
Это инструкция не для тех, кто пытается вернуть деньги, а как раз таки для администраторов доходов, но там прописаны действия всех участников.