Почему не увольняют по категории Д после травмы при контракте с Минобороны?

В силу ст. 34 Положения о порядке прохождения военной службы (Указ Президента РФ № 1237 от 1999 года)

Исключение из списков личного состава воинской части военнослужащего, признанного военно-врачебной комиссией негодным к военной службе и нуждающимся в освобождении от исполнения служебных обязанностей и уволенного с военной службы, производится не позднее чем через месяцсо дня получения воинской частью заключения военно-врачебной комиссии, не считая времени нахождения военнослужащего в отпуске (отпусках).

Если оно  прибыло в часть, то есть смысл обратиться как минимум в прокуратуру для проверки обоснованности действий командования

В силу ст. 34 Положения о порядке прохождения военной службы

15. Исключение из списков личного состава воинской части военнослужащего, признанного военно-врачебной комиссией негодным к военной службе и нуждающимся в освобождении от исполнения служебных обязанностей и уволенного с военной службы, производится не позднее чем через месяц со дня получения воинской частью заключения военно-врачебной комиссии, не считая времени нахождения военнослужащего в отпуске (отпусках).

таким образом, законом установлены лишь сроки исключения из списков личного состава. 

Срок считается с момента поступления данного соглашения. На течение данного срока не влияет время пребывания Вас в отпуске.

При увольнении Вам обязаны предоставить имеющиеся у Вас отпуска. При этом согласно ст. 29 Положения о порядке прохождения военной службы

16. Предоставление отпусков военнослужащемуосуществляется с таким расчетом, чтобы последний из них был использован полностью до дня истечения срока его военной службы. При невозможности предоставления основного и дополнительных отпусков до дня истечения срока военной службы они могут быть предоставлены военнослужащему при его увольнении последовательно, без разрыва между отпусками. В этом случае исключение военнослужащего из списков личного состава воинской части производится по окончании последнего из отпусков и после сдачи военнослужащим дел и должности.

С учетом указанных обстоятельств и принимается решение о Вашем увольнении и последующем исключении из списков части.

Если заключение ВВК в часть поступило, однако командованием не совершены действия по Вашему увольнению, есть смысл обратиться с жалобой в военную прокуратуру, на предмет проведения проверки по указанному факту и вынесения в адрес командования части представления об устранении нарушений закона.