Здравствуйте, остановил сотрудник гибдд якобы я проехала на запрещающий сигнал светофора хотя он моргал

Да, можно подать жалобу на действия сотрудника ГИБДД, в том числе за составление протокола о нарушении, если есть основания считать наказание незаконным.
Подать жалобу можно в подразделение Госавтоинспекции, которое вынесло постановление. Адресат — инспектор, оформивший нарушение, или руководитель отделения. 
В качестве доказательств своей правоты можно использовать видео или фото с места нарушения, показания свидетелей и другие документы. 
Обратиться с жалобой можно несколькими способами, например:
лично посетить отделение инспекции и передать жалобу сотруднику;
направить жалобу через официальный сайт ведомства или электронную почту;
отправить заявление по «Почте России»;
передать жалобу через представителя по доверенности.
Уполномоченные лица ГИБДД не вправе отказывать в принятии жалобы, если её суть подкреплена вескими основаниями. 

Здравствуйте!

В соответствии с пдд желтый сигнал светофора запрещает движение, то есть на моргающий желтый нельзя ехать

ЖЕЛТЫЙ СИГНАЛ запрещает движение, кроме случаев, предусмотренных пунктом 6.14Правил, и предупреждает о предстоящей смене сигналов;