Ребенку отказано в бесплатном питании, а отец участник СВО.Причина, что нет временной регистрации по месту прибывания.Имеют ли право в отказе?

Льготы для детей участников специальной военной операции устанавливаются региональными властями.
Для получения любой меры поддержки, включая бесплатное питание, необходимо обратиться с заявлением на имя руководителя образовательной организации (директора школы) 

К этому заявлению нужно приложить документы, которые:

Подтверждают статус отца как участника СВО.
Подтверждают факт обучения вашего ребенка именно в этой школе.
Вот где возникает проблема с регистрацией: временная регистрация по месту пребывания является одним из ключевых документов, подтверждающих, что ребенок относится к контингенту данной школы. Если ребенок проживает не по адресу, закрепленному за школой, и у него нет временной регистрации в этом районе, у администрации школы могут возникнуть законные основания для отказа, так как она может не иметь финансирования на учащихся, не прикрепленных к ее территории.

Попробуйте:
Официальный запрос в школу: Напишите заявление на имя директора школы с просьбой предоставить мотивированный отказ в письменной форме. В запросе укажите, что отец ребенка является участником СВО, и попросите сослаться на конкретный нормативный акт (региональный закон или постановление), пункт которого не выполнен из-за отсутствия регистрации.
Обращение в управление образования: Получив письменный отказ (или если школа его не дает), обратитесь в городское или районное управление образования. Именно этот орган власти курирует вопросы организации питания и может дать разъяснения по применению льгот в вашей ситуации — Уточните, является ли временная регистрация обязательным условием или достаточно иных документов, подтверждающих проживание ребенка (например, договор аренды жилья).
Урегулирование вопроса с регистрацией: Параллельно рассмотрите возможность оформления временной регистрации для ребенка по месту вашего фактического проживания. Это самый верный способ снять формальные основания для отказа.
Право на льготу у вашей семьи, безусловно, есть. Проблема, скорее всего, носит не смысловой, а формально- характер. Школа обязана предоставлять питание детям, которые в ней учатся, и для нее важно документально подтвердить, что ваш ребенок является именно ее учеником, прикрепленным к территории ее обслуживания.