Здравствуйте!
Ситуация у вас непростая, но судя по описанному, риски минимальные. Для привлечения к уголовной ответственности по статье о мошенничестве необходимо доказать, что вы сами участвовали в обмане или были в сговоре с директором. Если вы лишь исполняли свои трудовые обязанности логиста и не получали выгоды, не подписывали документы от имени компании и не вводили никого в заблуждение, оснований для обвинения вас как соучастника нет.
То, что у вас есть своё ООО без долгов, никак не ухудшает положение, поскольку оно к ситуации отношения не имеет. Следствие будет проверять именно ваши действия, а не просто формально вашу должность. Самое важное — спокойно объяснить свою роль, предоставить все документы и показать, что решения принимал директор.
Я понимаю ваше волнение, но вероятность, что вас привлекут без доказательств вашей вины, крайне мала.
С наилучшими пожеланиями, Хабас Феликсович.