Здравствуйте.
Собственно подобное занижение заработной платы приводит налоговиков к выводу о том, что часть ее выплачивается втемную. Разумеется, сравнив часы работы магазинов с оформленным числом работников у налоговой возник вопрос, который она Вам и переадресовала.
Допустим часы работы магазина с 9 утра до 8 вечера. У Вас работник принят на 0,5 ставки. Кто осуществляет деятельность в оставшиеся часы работы магазина? Ко всему, как я понимаю, в данных магазинах работают кассы. И налоговая видит, когда пробиваются чеки. То есть ей даже не надо сравнивать часы работы магазина с часами работы Ваших сотрудников. Достаточно сверить по чекам время их пробития, чтобы понять, что тут есть нарушение.
Соответственно, Вы занизили свою обязанность как налогового агента в части как удержания НДФЛ (ст. 226 НК РФ), так у уплаты страховых взносов в соответствии с положениями ст. 419 НК РФ.
И в данном случае выйти из этой ситуации полностью без штрафов и доначислений Вам вряд ли удастся.
Что касается второго момента то стоит отметить, что денежные средства, которые остались на расчетном счете ИП после уплаты налога на доходы физических лиц, других налогов, сборов и обязательных платежей, предусмотренных законодательством РФ о налогах и сборах, могут быть использованы им на личные цели. Налогообложение сумм денежных средств, переведенных с расчетного счета ИП на свой счет физического лица, Налоговым кодексом РФ не предусмотрено. Данный вывод неоднократно подчеркивался в Письмах Минфина России — например, в Письме от 11.08.2014 N 03-04-05/39905.
Согласно Письму Минфина России от 27.02.2018 N 03-04-05/12180 при дальнейшем перечислении денежных средств с расчетного счета физического лица, открытого для предпринимательской деятельности, на его банковский счет для расчетов по операциям, совершаемым с использованием расчетных (дебетовых) карт, кредитных карт, нового объекта обложения налогом на доходы физических лиц не возникает.
Но главная проблема у Вас безусловно связана с занижением НДФЛ и страховых взносов посредством трудоустройства работников на полставки, что не соответствует фактически времени выполняемой ими работы.
Вместе с тем, самое ключевое в Вашем вопросе вовсе не 2ой блок моего ответа,а именно первый.
Из Вашего вопроса следует, что у Вас 3 магазина, и всего лишь 3 сотрудника.
Даже если допустить, что сам ИП осуществляет трудовую функцию в одном из магазинов (что в принципе не запрещено), Вы с 3мя сотрудниками не в состоянии перекрыть функциональную потребность 3-х магазинов.
Уточните пожалуйста график работы магазинов?