Как ИП взять в аренду нежилое помещение, если оно оформлено на двоих собственников, а ИП является только один из них?

Заключите договор с тем, у кого есть статус ИП. Желательно со второго взять письменное согласие на сдачу в аренду.

Здравствуйте! Насколько я правильно вас поняла вы хотите оформить договор аренды на ИП нежилого помещение, которое принадлежит на праве собственности двум собственникам один из которых предполагаемый арендатор.Изхожу из того что помещение принадлежит на праве долевой собственности.

ГК РФ ст. 246 — распоряжение имуществом, находящимся в долевой собственности, осуществляется по соглашению всех участников.
Верховный Суд РФ неоднократно подтверждал: индивидуальный предприниматель вправе сдавать или брать в аренду имущество, находящееся в совместной собственности, только при наличии согласия второго собственника, оформленного надлежащим образом https://www.consultant.ru/law/podborki/sdacha_v_arendu_sovmestnoj_sobstvennosti/

Понятно что если вы являетесь сособственником данного помещения вы не можете свою долю арендовать самому себе, даже если будет согласие другого собственника в данной ситуации если цель — использовать помещение для нужд ИП, достаточно владеть долей и использовать помещение по соглашению с другими сособственником (если он не возражает).
Если требуется оформить аренду для ведения деятельности, лучше заключить договор аренды всего помещения с согласия всех сособственников, либо выделить часть помещения в натуре и оформить её как отдельный объект недвижимости.