Должник перечислил одну сумму по решению арбитражного суда, (задолженность по договору поставки) в какой очередности провести госпошлину и основной долг?

В вашем случае применяется ст. 319 ГК РФ:

Если иное не предусмотрено соглашением сторон, при недостаточности суммы исполнение погашает в следующем порядке:

1. расходы кредитора по получению исполнения (например, госпошлина по делу),
2. проценты,
3. основное обязательство (долг по договору поставки).

Так как у вас взыскание прошло по решению арбитражного суда, госпошлина — это расходы кредитора, взысканные с должника. Следовательно, при поступлении суммы в первую очередь покрывается госпошлина, а оставшаяся часть идёт в счёт основного долга.

️Если я смог Вам помочь, то предлагаю направить благодарность: https://m.pravoved.ru/pay/lawyer-reward/id/4233581/

Спасибо!