Брат прописан и проживает ХМАО, контракт подписал в Перми, какой регион будет выплачивать все выплаты?

Добрый день. Регион оформления определяется по месту подписания контракта и прохождения первичного отбора, а не по постоянной регистрации или месту прежней службы. Региональные льготы и доплаты перечисляются именно по месту заключения контракта и формирования подразделения, вне зависимости от «фактической» службы или первоначального призыва. 
Региональные выплаты зависят от того, от какого региона военнослужащий поступил на военную службу по контракту. Если контракт был заключён не через московский пункт отбора, а в другом регионе, то московские региональные выплаты, скорее всего, не будут положены.