Если мною будет приобретена 1комнатная квартира и выделены доли на двух детей?

В вашей ситуации нужно разделить два вопроса — право бывшего супруга на жилищную субсидию и влияние вашей покупки с маткапиталом на это право.

 
1. Когда назначают жилищную субсидию
Субсидии и жилищные выплаты обычно назначаются нуждающимся в улучшении жилищных условий (ст. 51 ЖК РФ). Признание «нуждающимся» зависит от:

обеспеченности жилплощадью (норма площади на человека — региональная, в среднем 12–18 кв. м);
состава семьи, указанного при постановке на учет;
отсутствия у членов семьи недвижимости, которая улучшает их жилищные условия.
Если бывший супруг был признан нуждающимся на себя и детей, то при изменении жилищных условий детей комиссия пересмотрит основания для предоставления субсидии.

 
2. Влияние вашей покупки на право супруга
Если вы купите 1-комнатную квартиру и выделите детям доли, эти доли будут учитываться при расчёте обеспеченности жильём, даже если вы и дети живёте отдельно от отца.
Жилищный орган вправе исключить детей из состава семьи бывшего супруга, так как у них появится собственность.
Это может уменьшить его шанс на субсидию (или он получит её только на себя).
 
3. Получит ли он «часть» субсидии на детей
Жилищная субсидия даётся не «частями» на каждого, а на всю семью, признанную нуждающейся.
Если у детей появятся доли в вашей квартире, в большинстве случаев их исключат из расчёта семьи мужа, и субсидия будет только на него одного (и на оставшихся членов семьи без жилья).
 
4. Риски
Если дети получат доли, это формально улучшает их жилищные условия, и органы соцзащиты/жилищный отдел могут признать, что нуждаемость отпала.
Это касается именно долей, а не фактического проживания.
 
Вывод: Если вы купите квартиру с маткапиталом и выделите доли детям, ваш бывший супруг, скорее всего, не сможет получить жилищную субсидию на детей — они будут считаться обеспеченными жильём.