Можно ли в договоре купли-продажи указать, что комната через 2 года полностью перейдёт мне?

Можно, но не в той форме, в которой вы это описали.

В договор купли-продажи комнаты (при покупке в долевую собственность) нельзя просто вписать условие: «Через 2 года комната переходит полностью к одному из покупателей», потому что:

По Гражданскому кодексу РФ переход права собственности происходит только на основании сделки (ст. 218, 223 ГК РФ) и её госрегистрации.

Нельзя автоматически «передать» долю по истечении срока без новой сделки.
Условие о переходе доли в будущем, без отдельного договора, Росреестр не зарегистрирует — оно будет считаться ничтожным.
 
Как сделать правильно
Покупаете сейчас в долях 1/2 + 1/2.
Сразу же или в будущем заключаете отдельный договор дарения или договор купли-продажи доли в вашу пользу.

Если хотите закрепить обязательство сожителя передать вам свою долю через 2 года, можно оформить предварительный договор купли-продажи доли с указанием даты заключения основного договора.
В нём прописывается обязанность сожителя в будущем оформить передачу своей доли вам.
Через 2 года оформляете сделку и регистрируете её в Росреестре.
 
Важно:

Предварительный договор должен быть нотариально удостоверен (с 2016 года все сделки с долями требуют нотариуса).
Если сожитель передумает и откажется, можно будет взыскать передачу доли через суд на основании предварительного договора.