В вашей ситуации ключевой момент — наличие у родителей российского гражданства.
Согласно ст. 12 Федерального закона № 62-ФЗ «О гражданстве Российской Федерации», ребёнок, родители которого на момент его рождения состояли в гражданстве РФ (один или оба), считается гражданином России по рождению, даже если у него нет российского паспорта или он записан в загранпаспорте Израиля.
То есть:
Формально, если хотя бы один родитель на момент рождения ребёнка был гражданином РФ, то ребёнок является гражданином РФ автоматически, даже если не оформлены документы.
Российские органы и пограничная служба будут рассматривать его именно как гражданина РФ, а не иностранца.
Что это значит на практике:
Получить студенческую визу как иностранцу он не сможет, так как Россия не выдаёт визы собственным гражданам.
Для учёбы в Петербурге ребёнку придётся оформить документы гражданина РФ (в первую очередь — паспорт в 14 лет).
Если родители или сам ребёнок захотят учиться как иностранцы — потребуется официально оформить выход из гражданства РФ, а это долгий и непростой процесс, к тому же с ограничениями (например, при наличии обязательств перед РФ).
Итог:
Если родители не оформят отказ от российского гражданства для ребёнка, он обязан будет получить паспорт РФ и учиться как гражданин России.
Учиться как иностранец при наличии права на гражданство РФ — практически невозможно, так как при пересечении границы и в учебных заведениях будет проверяться его правовой статус.