Полагаю, что одно другому не мешает.
Если ранее он был признан временно не годным к военной службе и ВВК поставила категорию Г, его повторное или дополнительное медицинское освидетльствование может проводиться и в период действия отсрочки от призыва по учёбе очно по правилам статьи 24 ФЗ «О воинской обязанности и военной службе» №53-ФЗ от 28.03.98.
Об этом говорится в статье 5.1 указанно закона:
1.2. Медицинское освидетельствование граждан, подлежащих призыву на военную службу, имеющих основания для предоставления отсрочки от призыва на военную службу или право на освобождение от призыва на военную службу (за исключением граждан, указанных в пункте 2.1 статьи 22 и подпункте «а» пункта 1 статьи 24 настоящего Федерального закона), проводится по их заявлению, подаваемому в том числе в электронной форме с использованием Портала государственных и муниципальных услуг (функций), или письменному обращению гражданина в военный комиссариат.
В п/п «а» п. 1 ст. 24 указанного закона сказано так:
1. Отсрочка от призыва на военную службу предоставляется гражданам:
а) признанным в установленном настоящим Федеральным законом порядке временно не годными к военной службе по состоянию здоровья, — на срок до одного года;
Сейчас он имеет право на отсрочку в связи с обучением очно, но проверять состояние его здоровья, как признанного временно не годным к военной службе, военкомат может, на мой взгляд. То есть и во время прохождения обучения (когда призвать его на службу не смогут всё время обучения) он может проходить ВВК по поводу плоскостопия и (возможно) других проблем по здоровью, одно другому не мешает, а результаты ВВК будет приниматься во внимание после того, как закончится его учёба и он утратит право на отсрочку по учёбе. Тогда и будут решать — требуется ли ему заново проходить ВВК или нет.
Так что явиться по повестке на медкомиссию он должен, тем более, что за уклонение от прохождения ВВК предусмотрена административная ответственность, но отсрочка у него всё равно будет всё время пока он учится очно.