Здравствуйте, Арсен.
Автоматические камеры фиксируют нарушение при выезде за стоп-линию на запрещающий сигнал (ч. 2 ст. 12.12 КоАП РФ). Если вы начали движение на разрешающий сигнал дополнительной секции, а её мигание началось уже в процессе движения и пересечения стоп-линии, состава правонарушения нет.
Ключевой момент — момент пересечения стоп-линии:
Если она пересечена на зелёный или мигающий зелёный, штраф не назначается.
Если пересечение произошло уже на красный доп. секции, это формально считается проездом на запрещающий сигнал, и камера (при наличии фиксации) может зафиксировать нарушение.
В вашей ситуации, судя по описанию, стоп-линию вы пересекли до включения красного, а значит, штрафа быть не должно.
В вашем случае, если штраф все-таки придёт, очень помог бы видеорегистратор.
Ну или при обжаловании штрафа, можно будет заявить ходатайство об истребовании видеозаписи с камеры-безопасный город.
С уважением, Нутрихин Максим Викторович, юрист г. Архангельск.