Как нам теперь вернуть деньги

В вашей сложной ситуации с заказом автомобиля из Японии через посредника по агентскому договору, который не выполнил обязательства по доставке и оформлению, можно выделить следующие пути для возможного возврата денег и защиты ваших прав:

По сути, вам отказали вернуть деньги через суд, сославшись на то, что машина растаможена на вас и теперь формально является вашей собственностью, а отсутствие подписанного акта приёма и других документов не признали достаточными для возврата средств. Такой подход типичен, когда суд считает, что риск непоставки уже перешёл на покупателя.
Тем не менее, если посредник не выполнил обязательства по договору (не доставил машину в Магадан в оговоренный срок, допустил просрочку с документами, накопление долгов на СВХ), это является нарушением договора. Вам важно максимально документировать все нарушения — переписка, претензии, доказательства несвоевременной растаможки, невыполнения договора.
Поскольку полицию и прокуратуру не удалось привлечь (дело признано гражданско-правовым), основной инструмент — гражданское судопроизводство, но есть риски из-за факта растаможки авто на вас. Можно попробовать апелляцию или кассацию, обратив внимание суда на:

нарушение условий договора по срокам;
занижение стоимости и завышение цены по акту согласования;
отсутствие передачи машины вам лично (отсутствие акта приёма);
бездействие и отказ ответчика идти на контакт;
ваши личные обстоятельства (инвалидность, маленький ребёнок) как смягчающие факторы для моральной компенсации.
Вы также можете обратиться к юристу для комплексного анализа договора и дальнейшего ведения дела, возможно подготовить дополнительные претензии и заявления с новым обоснованием.
Рассмотреть вариант обращения к службе защиты прав потребителей, если услуги посредника могут подпадать под их юрисдикцию; также попробовать обратиться в Федеральную антимонопольную службу с жалобой, если есть признаки недобросовестной предпринимательской деятельности.
Если автомобиль уже на СВХ и растаможен на вас, а сумма долга по СВХ выросла, без возможности выкупа вы технически не можете распоряжаться машиной. Возможно, есть варинат договориться с СВХ о рассрочке или списании части долга.
В дальнейшем, при повторении ситуации с недобросовестным посредником, рекомендую требовать гарантии и страхование риска в договоре, обязательные акты приёма-передачи и контролировать сроки самостоятельно.
В итоге, для возврата денег:

Обратитесь за квалифицированной юридической помощью для обжалования судебного решения или подготовки нового иска, если есть основания.
Соберите максимально полную доказательственную базу по нарушениям посредника.
Проанализируйте возможность взыскания морального вреда и реального ущерба — суды принимают во внимание затраты на кредиты и семейные обстоятельства.
Рассмотрите альтернативные способы урегулирования долгов по СВХ, чтобы избежать дальнейших потерь.
Этот вопрос сложный и требует детального анализа документов и обстоятельств. Если нужно, могу помочь составить претензии, жалобы или исковые заявления.

Основываясь на судебной практике по гражданским делам о возмещении ущерба и недобросовестном исполнении договоров между физлицами и посредниками, решения часто зависят от наличия доказательств нарушения сроков, фактов передачи товара и адекватной оценки ущерба.

Если хотите, могу помочь более подробно проанализировать ваши документы и составить стратегию.