Если да то как это будет выглядеть, прапорщик вместе с рядовыми на 3 месяца?

Здравствуйте!
Ситуация у вас нестандартная, но постараюсь объяснить максимально просто.

Если вы были призваны сразу по контракту в Погранслужбу ФСБ и не проходили срочную службу, то по закону (ст. 22 Федерального закона «О воинской обязанности и военной службе») — обязанность по прохождению срочной службы у вас формально осталась, поскольку контракт её не заменяет, если он был заключён до призыва на срочку. Это правило применяется особенно строго, если контракт продлился менее двух лет — а у вас как раз полтора года.

Так что, да, теоретически призвать дослуживать могут. При этом звание «прапорщик» не играет роли, потому что это звание присваивается в рамках прохождения службы по контракту. В рамках срочной службы вы будете числиться рядовым, и проходить службу как все остальные.

Обычно в таких случаях дослуживают оставшиеся месяцы до общего срока срочной службы (12 месяцев), но с учётом времени, проведённого в строевых частях — а у вас их было полтора года, поэтому логично, что призывать смысла нет. Однако, по закону, это решает призывная комиссия. И в редких случаях, особенно если вы не были включены в учёт срочной службы официально, вас могут призвать на полный срок.

По факту: на практике почти не забирают, особенно если человек уже был в военной системе, имел контракт и был уволен без грубых нарушений. Но формально — шанс остаётся.

Советую на всякий случай обратиться в военкомат с письменным запросом и получить официальный ответ, чтобы исключить неопределённость.

С наилучшими пожеланиями,
Хабас Феликсович.