Здравствуйте Сергей Николаевич!
Наличие счета, платежки, товарной накладной и самого товара может служить доказательством факта заключения договора купли-продажи между юридическим лицом и индивидуальным предпринимателем, даже если письменный договор не был оформлен.
Согласно пункту 2 статьи 159 ГК РФ, договор может быть заключен устно, если он исполняется при самом его совершении.
https://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_5142/d29560e1000120609d7bc8fccf76a08877b00c5d/
В данном случае, если товар был передан и оплачен, это может свидетельствовать о фактическом исполнении договора.
Имеются ли правовые основания для отказа в подписании Договора купли-продажи?
Нет, если стороны согласовали все существенные условия и фактически приступили к исполнению сделки, отказ в подписании договора не имеет правовых оснований.
Если одна из сторон настаивает на подписании отдельного договора — это её право для дополнительной защиты интересов.
Если договор не подписан, но есть документы, подтверждающие сделку (счёт, платёжка, накладная), суд может признать договор заключённым.