И что будет, если администрация подаст в суд?

В соответствии со ст 55 ГрК РФ 

Уполномоченные на выдачу разрешений на строительство федеральный орган исполнительной власти, исполнительный орган субъекта Российской Федерации или орган местного самоуправления в течение семи рабочих дней со дня поступления уведомления об окончании строительства:

проводит проверку соответствия указанных в уведомлении об окончании строительства параметров построенных или реконструированных объекта индивидуального жилищного строительства или садового дома действующим на дату поступления уведомления о планируемом строительстве предельным параметрам разрешенного строительства, реконструкции объектов капитального строительства, установленным правилами землепользования и застройки  (в том числе в случае, если указанные предельные параметры или обязательные требования к параметрам объектов капитального строительства изменены после дня поступления в соответствующий орган уведомления о планируемом строительстве и уведомление об окончании строительства подтверждает соответствие параметров построенных или реконструированных объекта индивидуального жилищного строительства или садового дома предельным параметрам и обязательным требованиям к параметрам объектов капитального строительства, действующим на дату поступления уведомления о планируемом строительстве).

то есть если параметры в град регламентах изменены, все равно проверяется соответствие построенного объекта данным действующим на момент подачи первого уведомления. При этом еще и проверяется  соответствие параметрам и на дату подачи уведомления об окончании строительства.

 В случае, если уведомление об окончании строительства подтверждает соответствие параметров построенных или реконструированных объекта индивидуального жилищного строительства или садового дома предельным параметрам и обязательным требованиям к параметрам объектов капитального строительства, действующим на дату поступления уведомления об окончании строительства, осуществляется проверка соответствия параметров построенных или реконструированных объекта индивидуального жилищного строительства или садового дома указанным предельным параметрам и обязательным требованиям к параметрам объектов капитального строительства, действующим на дату поступления уведомления об окончании строительства;

Далее в п 20 написано

 Уведомление о несоответствии построенных или реконструированных объекта индивидуального жилищного строительства или садового дома требованиям законодательства о градостроительной деятельности направляется только в следующих случаях:

 
1) параметры построенных или реконструированных объекта индивидуального жилищного строительства или садового дома не соответствуют указанным в пункте 1 части 19 настоящей статьи предельным параметрам разрешенного строительства, реконструкции объектов капитального строительства, установленным правилами землепользования и застройки, документацией по планировке территории, или обязательным требованиям к параметрам объектов капитального строительства, установленным настоящим Кодексом, другими федеральными законами

То есть проверяются параметры и на дату подачи уведомления о планируемом строительстве и на дату подачи уведомления об окончании строительства.

Собственно вопрос — наскольно законен отказ администрации в уведомлении об окончании строительства? И что будет, если администрация подаст в суд?

 Уведомление о несоответствии построенных или реконструированных объекта индивидуального жилищного строительства или садового дома требованиям законодательства о градостроительной деятельности направляется также в случае если 

размещение объекта индивидуального жилищного строительства или садового дома не допускается в соответствии с ограничениями, установленными в соответствии с земельным и иным законодательством Российской Федерации на дату поступления уведомления об окончании строительства, за исключением случаев, если указанные ограничения предусмотрены решением об установлении или изменении зоны с особыми условиями использования территории, принятым в отношении планируемого к строительству, реконструкции объекта капитального строительства, и такой объект капитального строительства не введен в эксплуатацию.

то есть, если вам ответили, что нельзя строить, надо понимать почему именно нельзя строить, если дело  в градостроительном регламенте, то есть просто по регламенту изменили зону, то это одно, если ограничения связанные с федеральными законами — это другое. Но в суд администрация подаст вряд ли, может быть собственник объекта, например, в результате строительства которого была наложена ЗОУИТ, которая запрещает строить (например газопровод и т.д.). Но полагаю, что запрет на строительство не связан с ЗОУИТ иначе бы и Росреестр не зарегистрировал. Полагаю, что изменился град регламент в ПЗЗ, а это не повод подавать на вас в суд, потому что в данном случае работает «дачная амнистия».

Поправка в указании нормы закона

Согласно ч.5 статьи 1 ФЗ  «О государственной регистрации недвижимости» государственная регистрация права в Едином государственном реестре недвижимости является единственным доказательством существования зарегистрированного права.Зарегистрированное в Едином государственном реестре недвижимости право на недвижимое имущество может быть оспорено только в судебном порядке.

www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_182661/b6cb723e03231cd3029bbe4a271c3554c68ab85f/

Если дом уже зарегистрирован в ЕГРН, это сильный аргумент в вашу пользу. Если дом построен по правилам, действовавшим на момент подачи уведомления, и зарегистрирован в ЕГРН, шансы администрации выиграть суд невысоки. Да, и решения о сносе дома тут суд вряд ли примет это уже крайняя мера и редко применяется, только когда нарушения фактически вопиющие.