Нужно ли платить налог с разницы между субсидией на жилье и фактической стоимостью?

Здравствуйте
В 2023 году вы продали жилье, полученное ранее в том числе с использованием субсидии. При этом, вы не указали стоимость продажи, то есть, какой получили доход.
Необходимость уплачивать НДФЛ при продаже квартиры зависит от того, сколько лет она была в вашей собственности и основания приобретения. 
Минимальный предельный срок владения объектом недвижимого имущества составляет пять лет (п. 4 ст. 217.1 НК РФ), за исключением случаев, указанных в п. 3 ст. 217.1 НК РФ.
Так, если такое имущество (единственная квартира с соблюдение установленных критериев) находилось в вашей собственности менее трех лет, доходы от ее продажи облагаются НДФЛ. Вы должны самостоятельно рассчитать и уплатить налог с дохода от его продажи.
В данном случае квартира была в вашей собственности год, в связи с чем возникает обязанность по уплате налога. 
Однако для уменьшения налога вы можете:
— уменьшить сумму своих облагаемых налогом доходов на сумму фактически произведенных и документально подтвержденных расходов, связанных с приобретением этой квартиры (подпункт 2 пункта 2 статьи 220 НК РФ);
— воспользоваться имущественным налоговым вычетом, уменьшив свой налогооблагаемый доход на сумму, не превышающую в целом 1 000 000 руб. (подпункт 1 пункта 2 статьи 220 НК РФ)
Соответственно, только с полученной разницы исчисляется налог.
При этом Минфин указывает, что поскольку сумма социальной выплаты, направленная налогоплательщиком на приобретение квартиры, является расходом налогоплательщика, при продаже квартиры он имеет право уменьшить сумму своих облагаемых налогом доходов на всю сумму фактически произведенных им и документально подтвержденных расходов, связанных с приобретением данной квартиры, в том числе произведенных за счет средств социальной выплаты (Письмо Минфина России от 30.12.2022 N 03-04-05/129817). Характер вашей субсидии не ясен, но подход должен быть аналогичным. 
В связи с этим, полагаю, что вычет при продаже квартиры в 2023 году вы можете заявить в целом по сумме вашей сделке (2,9 млн руб. либо более, если это только размер субсидии).
Дальнейшее приобретение жилья в 2024 году не влияет на указанную обязанность, однако по нему можно получить имущественный налоговый вычет на покупку в установленном порядке.
Рада ответить на Ваш вопрос!
При необходимости дополнительной консультации, помощи в подготовке документов, Вы можете обращаться в чат.
С уважением, Екатерина
 

Здравствуйте! Вам налог насчитали вероятнее всего с продажи жилья, поскольку Вы не владели жильем минимальный срок владения.

Субсидия не облагается НДФЛ на основании п. 36 ст. 217 НК РФ

Не подлежат налогообложению (освобождаются от налогообложения) следующие виды доходов физических лиц:

суммы выплат на приобретение и (или) строительство жилого помещения, предоставленные за счет средств федерального бюджета, бюджетов субъектов Российской Федерации и местных бюджетов;

Сама субсидия в 2,9 млн рублей не считается доходом для целей НДФЛ, независимо от дальнейшего использования этих средств.

Поскольку субсидия имеет строго целевое назначение (улучшение жилищных условий), а Вы использовали ее для покупки жилья в 2022 году, оставшаяся после продажи и новой покупки сумма не формирует налогооблагаемую базу.

Но, если при продаже первого жилья в 2023 году срок Вашего владения им был менее минимального (3 или 5 лет в зависимости от основания приобретения), Вы обязаны были заплатить НДФЛ с дохода от продажи, это отдельное обязательство, не связанное с субсидией.